Inizia giovanissimo a lavorare in discografia fondando nel 1976 con Caterina Caselli l’etichetta Ascolto. Contemporaneamente lavora a Radio Canale 96 e successivamente, a RAI Radio 3 alla trasmissione “Un certo discorso”. Lavora in Polygram.
Dopo un periodo di tournée con vari artisti, Alberto Pugnetti ritorna in discografia lavorando alla direzione artistica di EMI e successivamente di Cbs/Sony. Nel 1985 lascia la discografia per lavorare esclusivamente con Fabio Concato e poi con Antonella Ruggiero. Contemporaneamente lavora in pubblicità come consulente musicale per le più importanti agenzie mondiali.
Nel 2015 Alberto Pugnetti fonda Radio Francigena di cui è l’attuale direttore.